LabexMed a développé des collaborations avec de nombreuses institutions nationales et internationales, qui ont été formalisées grâce à des conventions de partenariats scientifiques :
- MuCEM – Musée des civilisations de l’Europe et de la Méditerranée
- Villa Méditerranée
- École Française de Rome (EFR) et Centre Jean Bérard
- Institut de Recherche sur le Maghreb Contemporain (IRMC)
- Institute for Mediterranean Studies (IMS) – Foundation for Research and Technology Hellas
- Institución Milá y Fontanals (CSIC – Barcelone)
- Institut français du Proche-Orient (Ifpo)
- Institut National Agronomique de Tunisie (INAT)
- Faculdade De Ciências Sociais E Humanas. Universidade Nova De Lisboa (FCSH)
- Université Panteion d’Athènes et Association Hellénique de politique Sociale
- Université Libre de Bruxelles
- Casa de Velázquez
- Institut français d’archéologie orientale (IFAO)
- Faculté de Gouvernance et de Sciences Economiques et Sociales (EGE Rabat) de l’Université Mohammed VI Polytechnique
- Universià degli studi di Napoli Federico II
- Université Autonome de Madrid
- Université d’Haïfa (Israël)
- Universià degli studi di Torino